利用林木種質資源保存庫開展林木種質資源保護是維護森林物種基因庫的核心，也是維護生物多樣性的重要保證，不過近年來由于人類的活動，對林木種質資源帶來了不可挽回的破壞，造成野生樹種資源量呈銳減趨勢，生存空間狹窄，有些正在面臨著滅絕的危險，因此使用林木種質資源保存庫讓這些珍稀瀕危樹種“回歸”，是當代必須要做的事情。
      林木種質資源保存庫的重要作用主要有兩條，其一是讓這些珍稀瀕危樹種以種子的方式保存下來，而不至于滅絕，其二是提高良種使用率，在有效保護這些林木種質資源的基礎上，積極推進林木種質資源的合理利用。而過去幾年，林木種質資源保存庫在搶救林木種質資源方面，成績顯著，因此現在使用林木種質資源保存庫開展珍稀瀕危樹種種質資源保護，為珍稀瀕危樹種“回歸”提供了一個重要的契機。
      目前我國很多的珍稀瀕危樹種都分布在國有林場、森林公園和自然保護區內，因此要讓這些珍稀瀕危樹種得到及時的保護，首先就是要做好原地的保護工作，通過建立保護區，以及依靠林木種質資源保存庫來展開保存工作，有效提高珍稀瀕危樹種的保護效果。另外，林木種質資源保存庫的應用，也有助于后續工作的開展，比如林業部門對這些采集到的珍稀瀕危樹種種質資源展開研究繁育工作，并將將它們栽植到自然的分布區，以擴大其種群數量，逐步解除其瀕危狀態，促進珍稀瀕危樹種的回歸。